从2000年至今，内蒙古共争取国家投入近亿元，大大加快了内蒙古自然保护区建设步伐。截至目前，全区林业系统已建立了包括森林类型、湿地类型、野生动植物类型、荒漠类型等多种类型的保护区136处，总面积1082．8万公顷，占内蒙古自治区总面积的9．6％。其中，有2处保护区加入了联合国教科文组织的“人与生物圈”保护区网络，有2处被列入国际重要湿地名录。
　　
　　各种类型的自然保护区，有效地保护了内蒙古85％的陆地生态系统类型、85％的野生动物种群和65％的野生植物群落，同时较好地保护了许多珍贵、濒危野生动植物的栖息地。
　　
　　如今，内蒙古许多濒危珍贵野生动植物，如遗鸥、马鹿、天鹅，四合木、沙地云杉、樟子松等，都被划入保护区里，并得到了良好保护。保护区内野生动植物基因资源的研究开发，对生命科学、生物技术和新资源、新能源、新材料的发展等，具有难以估量的战略价值。