鼠害是三江源地区地区生态恶化的主要原因之一。据调查，在鼠害最为猖獗的时期，三江源地区发生鼠害面积９６６６万亩，每亩有效鼠洞达到了８９个，鼠害面积占三江源生态保护区的１７％，这一地区５０％以上的黑土滩都是鼠害所致。

    青海省森林病虫防治研究所专家介绍，三江源地区的鼠类食量惊人，树根、草根都是鼠类的食物，鼠类打洞时在地面堆起的土丘将附近的植被覆盖，成为草场退化、草皮沙化的直接诱因，严重威胁三江源地区的生态环境。

    ２００６年以来，三江源地区先后分两批实施了草原鼠害防治工程，总投资９５３８万元。目前，首批防治任务已经完成，防治效果达到９７．１％，第二批任务已进入扫尾阶段。