在琵琶湖的治理过程中,日本滋贺县采取了一系列的综合环境治理措施,以流域为单元、根据不同流域的不同特点分别制定对策。比如在上游地区植树造林,封山固土,防止水土流失;中游地区疏浚河道,减少各种污染;湖周围地区加强水质检测,防止环境污染;下游用水地区重点节约用水,从而达到了治山、治水和造林的综合治理目标。
为保护琵琶湖,日本滋贺县进行了广泛的环境保护科普教育,提高全民的环保意识,让公众共同参与环境保护。当地政府还将每年的7月1日和12月1日定为环境保护日,组织区域内居民参与清扫琵琶湖周围环境的活动,组织中小学生参观学习和植树活动,培养他们的环保意识等。